# 贡献

欢迎为本项目贡献自己的才智，例如扩展模型的应用场景和进行有针对性的改进。

## 对于GHDDI的同事

在cluster上已经搭建好了项目运行所需的环境，推荐直接在上面进行开发。

### VS Code远程连接Cluster (推荐)

先下载VS Code，远程连接cluster，步骤如下：

1. 下载VS Code: https://code.visualstudio.com/
2. 打开VS Code, 点击侧边栏的扩展
   - 搜索框中输入ssh, 下载Remote SSH，并配置服务器[2],
   - .ssh/config内容参考下图, 将其中的用户名(`qiliu02`)改成自己的
3. 在VS Code中连接远程服务器
   - 点击侧边栏的"远程资源管理器"
   - 连接刚才配置好的服务器，选择在当前/新的窗口打开
   - 左下角显示已经连接后，选择侧边栏"打开文件夹"，打开cluster中想要创建项目的路径，或者已经存在的路径
     后续就可以直接在cluster上进行开发了.

![安装RemoteSSH扩展](figures/install_remote_ssh_plugin.png)

![remote ssh的config](figures/remote_ssh_config.png)

![连接server](figures/connect_server.png)

![打开文件夹](figures/open_folder.png)

### 激活Conda环境

安装好VS Code和远程连接好Cluster后，下面安装conda，并激活scGPT的Conda env.
假如当前个人账号没有安装Conda的话，建议先安装[3]，如使用下面命令：

```shell
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.07-2-Linux-x86_64.sh
bash ./Anaconda3-2023.07-2-Linux-x86_64.sh
```

101服务器上已经安装好了用于使用scGPT的环境, 可选Chen Liang (梁忱) 提供的环境(python3.10)：

- Python解释器： /home/cliang02/work/bin/cre-python
- Conda环境：/home/cliang02/work/software/common/proglang/mambaforge/envs/cre

或者Qi Liu (刘奇)提供的环境 (python3.7)：

- Conda环境：/home/qiliu02/miniconda3/envs/flash-attn

新建Terminal后，可以输入命令激活：

```
conda activate /home/cliang02/work/software/common/proglang/mambaforge/envs/cre
# or
conda activate /home/qiliu02/miniconda3/envs/flash-attn
```

就切换到了我们运行scGPT的环境了.

注意：conda env中没有安装 `scgpt`，而是在项目中源码安装scGPT，这是为了随时保持最新和方便修改源码. 后面的预处理脚本用sys.path.append的方式引用了源码包，若有相关问题，可以联系Qi Liu.

![VS Code新建终端](figures/new_terminal.png)

![激活scgpt运行的conda环境](figures/conda_env.png)

**参考**

1. [VS Code](https://code.visualstudio.com/)
2. [Remote Development using SSH](https://code.visualstudio.com/docs/remote/ssh#_getting-started)
3. [Anaconda Download](https://www.anaconda.com/download/)
4. [Git Download](https://git-scm.com/downloads)
5. [scGPT](https://github.com/bowang-lab/scGPT)
6. [scGPT tutorials](https://github.com/bowang-lab/scGPT/tree/main/tutorials)