贡献

欢迎为本项目贡献自己的才智,例如扩展模型的应用场景和进行有针对性的改进。

对于GHDDI的同事

在cluster上已经搭建好了项目运行所需的环境,推荐直接在上面进行开发。

VS Code远程连接Cluster (推荐)

先下载VS Code,远程连接cluster,步骤如下:

  1. 下载VS Code: https://code.visualstudio.com/

  2. 打开VS Code, 点击侧边栏的扩展

    • 搜索框中输入ssh, 下载Remote SSH,并配置服务器[2],

    • .ssh/config内容参考下图, 将其中的用户名(qiliu02)改成自己的

  3. 在VS Code中连接远程服务器

    • 点击侧边栏的”远程资源管理器”

    • 连接刚才配置好的服务器,选择在当前/新的窗口打开

    • 左下角显示已经连接后,选择侧边栏”打开文件夹”,打开cluster中想要创建项目的路径,或者已经存在的路径 后续就可以直接在cluster上进行开发了.

安装RemoteSSH扩展

remote ssh的config

连接server

打开文件夹

激活Conda环境

安装好VS Code和远程连接好Cluster后,下面安装conda,并激活scGPT的Conda env. 假如当前个人账号没有安装Conda的话,建议先安装[3],如使用下面命令:

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.07-2-Linux-x86_64.sh
bash ./Anaconda3-2023.07-2-Linux-x86_64.sh

101服务器上已经安装好了用于使用scGPT的环境, 可选Chen Liang (梁忱) 提供的环境(python3.10):

  • Python解释器: /home/cliang02/work/bin/cre-python

  • Conda环境:/home/cliang02/work/software/common/proglang/mambaforge/envs/cre

或者Qi Liu (刘奇)提供的环境 (python3.7):

  • Conda环境:/home/qiliu02/miniconda3/envs/flash-attn

新建Terminal后,可以输入命令激活:

conda activate /home/cliang02/work/software/common/proglang/mambaforge/envs/cre
# or
conda activate /home/qiliu02/miniconda3/envs/flash-attn

就切换到了我们运行scGPT的环境了.

注意:conda env中没有安装 scgpt,而是在项目中源码安装scGPT,这是为了随时保持最新和方便修改源码. 后面的预处理脚本用sys.path.append的方式引用了源码包,若有相关问题,可以联系Qi Liu.

VS Code新建终端

激活scgpt运行的conda环境

参考

  1. VS Code

  2. Remote Development using SSH

  3. Anaconda Download

  4. Git Download

  5. scGPT

  6. scGPT tutorials