索引

A

add_file_handler()（在 scgpt.utils.util 模块中） AdversarialDiscriminator（scgpt.model.model 中的类）

append_study() （scgpt.scbank.databank.DataBank 方法） average_vector_results()（scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 静态方法）

B

backward()（scgpt.model.grad_reverse.GradReverse 静态方法） batch_from_anndata()（scgpt.scbank.databank.DataBank 类方法） BatchLabelEncoder（scgpt.model.model 中的类） binning()（在 scgpt.preprocess 模块中）

bn_handle（scgpt.model.dsbn.DomainSpecificBatchNorm1d 属性） bn_handle（scgpt.model.dsbn.DomainSpecificBatchNorm2d 属性） build_fast_transformer_encoder()（scgpt.model.model.FastTransformerEncoderWrapper 静态方法） build_length_mask()（scgpt.model.model.FastTransformerEncoderWrapper 静态方法）

C

category_str2int()（在 scgpt.utils.util 模块中） CategoryValueEncoder（scgpt.model.model 中的类） cell_ids（scgpt.scbank.data.MetaInfo 属性） check_logged() （scgpt.preprocess.Preprocessor 方法） ClsDecoder（scgpt.model.generation_model 中的类）

ClsDecoder（scgpt.model.model 中的类） cluster_definitions_as_df() （scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 方法） compute_similarities() （scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 方法） ContinuousValueEncoder（scgpt.model.model 中的类） criterion_neg_log_bernoulli()（在 scgpt.loss 模块中） custom_filter() （scgpt.scbank.databank.DataBank 方法）

D

data_style（scgpt.data_collator.DataCollator 属性） data_tables（scgpt.scbank.databank.DataBank 属性） DataBank（scgpt.scbank.databank 中的类） DataCollator（scgpt.data_collator 中的类） DataTable（scgpt.scbank.data 中的类） data（scgpt.scbank.data.DataTable 属性）

define_wandb_metrcis()（在 scgpt.trainer 模块中） delete_study() （scgpt.scbank.databank.DataBank 方法） do_binning（scgpt.data_collator.DataCollator 属性） do_mlm（scgpt.data_collator.DataCollator 属性） do_padding（scgpt.data_collator.DataCollator 属性） DomainSpecificBatchNorm1d（scgpt.model.dsbn 中的类） DomainSpecificBatchNorm2d（scgpt.model.dsbn 中的类）

E

encode_batch() （scgpt.model.generation_model.TransformerGenerator 方法） encode_batch() （scgpt.model.model.TransformerModel 方法） eval_scib_metrics()（在 scgpt.utils.util 模块中）

eval_testdata()（在 scgpt.trainer 模块中） evaluate()（在 scgpt.trainer 模块中） ExprDecoder（scgpt.model.model 中的类）

F

FastTransformerEncoderWrapper（scgpt.model.model 中的类） filter() （scgpt.scbank.databank.DataBank 方法） find_required_colums()（在 scgpt.utils.util 模块中） FlashscGPTGenerator（scgpt.model.flash_layers 中的类） FlashscGPTLayer（scgpt.model.flash_layers 中的类） FlashscGPTMHA（scgpt.model.flash_layers 中的类） FlashTransformerEncoderLayer（scgpt.model.model 中的类） forward() （scgpt.model.flash_layers.FlashscGPTGenerator 方法） forward() （scgpt.model.flash_layers.FlashscGPTLayer 方法） forward() （scgpt.model.flash_layers.FlashscGPTMHA 方法） forward() （scgpt.model.generation_model.ClsDecoder 方法） forward() （scgpt.model.generation_model.GeneEncoder 方法） forward() （scgpt.model.generation_model.PositionalEncoding 方法） forward() （scgpt.model.generation_model.Similarity 方法） forward() （scgpt.model.generation_model.TransformerGenerator 方法） forward() （scgpt.model.layers.MultiheadAttention 方法） forward() （scgpt.model.model.AdversarialDiscriminator 方法） forward() （scgpt.model.model.BatchLabelEncoder 方法）

forward() （scgpt.model.model.CategoryValueEncoder 方法） forward() （scgpt.model.model.ClsDecoder 方法） forward() （scgpt.model.model.ContinuousValueEncoder 方法） forward() （scgpt.model.model.ExprDecoder 方法） forward() （scgpt.model.model.FastTransformerEncoderWrapper 方法） forward() （scgpt.model.model.FlashTransformerEncoderLayer 方法） forward() （scgpt.model.model.GeneEncoder 方法） forward() （scgpt.model.model.MVCDecoder 方法） forward() （scgpt.model.model.PositionalEncoding 方法） forward() （scgpt.model.model.SimDecoder 方法） forward() （scgpt.model.model.Similarity 方法） forward() （scgpt.model.model.TransformerModel 方法） forward()（scgpt.model.grad_reverse.GradReverse 静态方法） from_anndata()（scgpt.scbank.databank.DataBank 类方法） from_dict()（scgpt.tokenizer.gene_tokenizer.GeneVocab 类方法） from_file()（scgpt.tokenizer.gene_tokenizer.GeneVocab 类方法） from_path()（scgpt.scbank.data.MetaInfo 类方法） from_path()（scgpt.scbank.databank.DataBank 类方法）

G

gene_vocab_md5（scgpt.scbank.data.MetaInfo 属性） gene_vocabulary()（在 scgpt.utils.util 模块中） gene_vocab（scgpt.scbank.databank.DataBank 属性） GeneEmbedding（scgpt.tasks.grn 中的类） GeneEncoder（scgpt.model.generation_model 中的类） GeneEncoder（scgpt.model.model 中的类） generate() （scgpt.model.model.TransformerModel 方法） generate_network() （scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 方法） generate_square_subsequent_mask()（在 scgpt.model.generation_model 模块中） generate_square_subsequent_mask()（在 scgpt.model.model 模块中） generate_vector() （scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 方法） generate_weighted_vector() （scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 方法）

generative_forward() （scgpt.model.model.TransformerModel 方法） GeneTokenizer（scgpt.tokenizer.gene_tokenizer 中的类） GeneVocab（scgpt.tokenizer.gene_tokenizer 中的类） get_adata() （scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 方法） get_default_gene_vocab()（在 scgpt.tokenizer.gene_tokenizer 模块中） get_free_gpu()（在 scgpt.utils.util 模块中） get_git_commit()（在 scgpt.utils.util 模块中） get_metagenes() （scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 方法） get_mlm_probability() （scgpt.data_collator.DataCollator 方法） get_sim_matrix() （scgpt.model.model.SimDecoder 方法） get_similar_genes() （scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 方法） grad_reverse()（在 scgpt.model.grad_reverse 模块中） GradReverse（scgpt.model.grad_reverse 中的类）

H

histogram()（在 scgpt.utils.util 模块中）

I

immediate_save（scgpt.scbank.setting.Setting 属性） init_weights() （scgpt.model.generation_model.TransformerGenerator 方法）

init_weights() （scgpt.model.model.TransformerModel 方法） is_loaded（scgpt.scbank.data.DataTable 属性） isnotebook()（在 scgpt.utils.util 模块中）

K

keep_first_n_tokens（scgpt.data_collator.DataCollator 属性）

L

link() （scgpt.scbank.databank.DataBank 方法） load() （scgpt.scbank.data.MetaInfo 方法） load() （scgpt.scbank.databank.DataBank 方法）

load_all() （scgpt.scbank.databank.DataBank 方法） load_anndata() （scgpt.scbank.databank.DataBank 方法） load_table() （scgpt.scbank.databank.DataBank 方法）

M

main_data（scgpt.scbank.databank.DataBank 属性） main_process_only()（在 scgpt.utils.util 模块中） main_table_key（scgpt.scbank.data.MetaInfo 属性） main_table_key（scgpt.scbank.databank.DataBank 属性） MainProcessOnly（scgpt.utils.util 中的类） map_raw_id_to_vocab_id()（在 scgpt.utils.util 模块中） mask_value（scgpt.data_collator.DataCollator 属性） masked_mse_loss()（在 scgpt.loss 模块中） masked_relative_error()（在 scgpt.loss 模块中） max_length（scgpt.data_collator.DataCollator 属性） max_tokenize_batch_size（scgpt.scbank.setting.Setting 属性） meta_info（scgpt.scbank.databank.DataBank 属性） MetaInfo（scgpt.scbank.data 中的类） mlm_probability（scgpt.data_collator.DataCollator 属性） module scgpt.data_collator scgpt.data_sampler scgpt.loss scgpt.model.dsbn scgpt.model.flash_layers scgpt.model.generation_model scgpt.model.grad_reverse scgpt.model.layers scgpt.model.model scgpt.preprocess scgpt.scbank scgpt.scbank.data scgpt.scbank.databank scgpt.scbank.monitor scgpt.scbank.setting scgpt.tasks scgpt.tasks.grn scgpt.tokenizer scgpt.tokenizer.gene_tokenizer scgpt.trainer scgpt.utils scgpt.utils.util

MultiheadAttention（scgpt.model.layers 中的类） MVCDecoder（scgpt.model.model 中的类）

N

name（scgpt.scbank.data.DataTable 属性）

O

on_disk_format（scgpt.scbank.data.MetaInfo 属性）

on_disk_path（scgpt.scbank.data.MetaInfo 属性）

P

pad_batch()（在 scgpt.tokenizer.gene_tokenizer 模块中） pad_token_id（scgpt.data_collator.DataCollator 属性） pad_token（scgpt.tokenizer.gene_tokenizer.GeneVocab 属性） pad_value（scgpt.data_collator.DataCollator 属性） perceptual_forward() （scgpt.model.model.TransformerModel 方法） plot_metagene() （scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 方法） plot_metagenes_scores() （scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 方法）

plot_similarities() （scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 方法） PositionalEncoding（scgpt.model.generation_model 中的类） PositionalEncoding（scgpt.model.model 中的类） pred_perturb() （scgpt.model.generation_model.TransformerGenerator 方法） predict()（在 scgpt.trainer 模块中） prepare_data()（在 scgpt.trainer 模块中） prepare_dataloader()（在 scgpt.trainer 模块中） Preprocessor（scgpt.preprocess 中的类）

R

random_mask_value()（在 scgpt.tokenizer.gene_tokenizer 模块中） read_embedding() （scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 方法）

read_vector()（scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 静态方法） remove_zero_rows（scgpt.scbank.setting.Setting 属性） reserve_keys（scgpt.data_collator.DataCollator 属性）

S

sampling（scgpt.data_collator.DataCollator 属性） save() （scgpt.scbank.data.DataTable 方法） save() （scgpt.scbank.data.MetaInfo 方法） save() （scgpt.scbank.databank.DataBank 方法） save_json() （scgpt.tokenizer.gene_tokenizer.GeneVocab 方法） scgpt.data_collator module scgpt.data_sampler module scgpt.loss module scgpt.model.dsbn module scgpt.model.flash_layers module scgpt.model.generation_model module scgpt.model.grad_reverse module scgpt.model.layers module scgpt.model.model module scgpt.preprocess module scgpt.scbank module scgpt.scbank.data module scgpt.scbank.databank module

scgpt.scbank.monitor module scgpt.scbank.setting module scgpt.tasks module scgpt.tasks.grn module scgpt.tokenizer module scgpt.tokenizer.gene_tokenizer module scgpt.trainer module scgpt.utils module scgpt.utils.util module score_metagenes() （scgpt.tasks.grn.GeneEmbedding 方法） SeqDataset（scgpt.trainer 中的类） set_default_token() （scgpt.tokenizer.gene_tokenizer.GeneVocab 方法） set_seed()（在 scgpt.utils.util 模块中） settings（scgpt.scbank.databank.DataBank 属性） Setting（scgpt.scbank.setting 中的类） sim_matrix() （scgpt.model.model.SimDecoder 方法） SimDecoder（scgpt.model.model 中的类） Similarity（scgpt.model.generation_model 中的类） Similarity（scgpt.model.model 中的类） study_ids（scgpt.scbank.data.MetaInfo 属性） SubsetsBatchSampler（scgpt.data_sampler 中的类） SubsetSequentialSampler（scgpt.data_sampler 中的类） sync() （scgpt.scbank.databank.DataBank 方法）

T

tensorlist2tensor()（在 scgpt.utils.util 模块中） test()（在 scgpt.trainer 模块中） tokenize_and_pad_batch()（在 scgpt.tokenizer.gene_tokenizer 模块中） tokenize_batch()（在 scgpt.tokenizer.gene_tokenizer 模块中）

track() （scgpt.scbank.databank.DataBank 方法） train()（在 scgpt.trainer 模块中） transformer_generate() （scgpt.model.model.TransformerModel 方法） TransformerGenerator（scgpt.model.generation_model 中的类） TransformerModel（scgpt.model.model 中的类）

U

update_datatables() （scgpt.scbank.databank.DataBank 方法）